Hallo und willkommen im DCC!
Dass das FD 1.4/50 ein Spiegelproblem an der 5D verursacht, ist mir neu und würde mich ehrlich gesagt wundern. Entscheidender ist aber aus meiner Sicht, dass sich für dieses gute aber nicht herausragende Objektiv m.E. nicht der erhebliche Umbauaufwand von FD auf EF lohnt.
Eine erste gute Orientierung was sich überhaupt an das EF-Bajonett adaptieren lässt, bietet dieser Thread: http://www.digicamclub.de/showthread.php?t=14839
Dort findest Du eine sehr umfangreiche Liste, welche Adapterlösungen kommerziell erhältlich sind. Was dort nicht aufgelistet ist, benötigt entweder einen sehr exotischen Adapter, der schwer zu bekommen ist, oder muss umgebaut werden.
Die Spiegelproblematik ist dann noch mal etwas spezielles und lässt sich nicht pauschal vorhersagen. Am besten suchst Du direkt nach dem betreffenden Objektiv hier im Forum - häufig ist dann etwas zu der Adaptierbarkeit an die 5D oder 5D MkII beschrieben.