Jepp, die umlaufende Erhebung, in die Du die Löcher gebohrt hast, ist der Bereich, der komplett das Objektiv im Kamerabajonett eintaucht und es seitlich in Position hält. Es hat also exakt den Durchmesser des Kamerabajonett - Innenbereich.
Stehen Deine Schraubenköpfe also seitlich über diesen Bereich heraus, so kannst Du das Objektiv nicht an das Kamerabajonett bringen, weil Du den Durchmesser an der Stelle vergrößerst durch die überstehenden Schraubenköpfe.. und dann passt das Objektiv nicht mehr in den Kamerabajonettdurchmesser (~53,x mm)

Abhängig also davon, wie weit die Schraubenköpfe überstehen in der horizontalen Richtung über diesen umlaufenden Bereich (steht nix über, brauchst Du nicht so tief, weil die Köpfe dann nur im umlaufenden 53,x mm - Bereich sitzen.

Stehen die Köpfe aber über den Rand, so musst Du die Löcher in der Adapterplatte so tief einlassen, das die Köpfe vollständig in der Platte versinken.

Die Platte liegt ja nachher komplett bündig auf dem Kamerabajonett. Sollte ein Schraubenkopf an irgendeiner Stelle über die Platte - also seitlich und in der Tiefe - hinausragen, so verkantet das Objektiv bei in der Höhe über die Auflageplatte stehenden Schraubenköpfen minimal, da es einseitig auf einem Schraubenkopf - statt vollflächig auf der Platte - aufliegt. Das führt in Verbindung mit den leichten Toleranzen, die bei der Rumpfkürzung entstanden sind, gegebenenfalls zu einseitigen Unschärfen im Bild.

Also Schraubenköpfe bitte komplett versenken.

Manche gehen daher feilen zum Schluss die Schraubenköpfe herunter, wenn sie noch etwas über die Adapterplatte ragen.
Ist aber ein ganz schlechte Lösung.

Erstens sieht der Adapter nachher aus wie "Wurst".. und
zweitens bekommst Du die Schrauben nicht mehr raus, wenn Du mal Service an dem Objektiv machen musst (ölige Blendenlamellen, ausgehakter Blendenmitnehmer und etliches mehr)...

Also sauber die Köpfe versenken.

LG
Henry