Da fällt mir noch ein, dass ich die Option nutze, Bilder mit verschiedenen Stack-Optimierungsverfahren zu erstellen.
Da spuckt mir Combine dann ich glaub um die 8 verschieden gestackte Bilder aus, aus denen ich dann das Beste auswähle. Dauert halt etwas.
Wenn das nicht klappt, kann man sich ja etwas einlesen, und in Combine Geisterbilder entfernen, wenn ich mich recht erinnere.

Bist Du Dir sicher, Deine Bilder in genügend kleinem Abstand zu machen? Die Sucherbetrachtung ist da eventuell zu ungenau für die Einschätzung!
Und normalen Schärfentiefentabellen würde ich nicht unbedingt trauen.
Bei Mikroskopoptiken gibts zum Teil Schärfentiefeangaben, bei 12x dürfte das um die 4 µm sein :-)
Allerdings hast Du vermutlich eine stärkere Abblendung, also einen etwas größeren Schärfentiefenbereich.