Es ist auf jeden Fall eine spannende Diskussion. (Bitte versucht nur verallgemeinernde Bemerkungen zu den Meinungen anderer herauszuhalten, ok?)
Waalfs Erklärungen haben Hand und Fuß, ebenso lassen sich aber auch persönliche Beobachtungen wie von kuuan nicht leugnen, denn für uns als Nutzer ist es ja immer wichtig, "was hinten rauskommt". Ich habe ja ganz ähnliche Beobachtungen gemacht, als ich - selbst völlig überrascht - feststellte, dass sich die subjektiv empfundene Auflösung der Fuji X-E1 nicht von der der Sony NEX-7 unterscheidet - und das, obwohl die Sony 8 MPix mehr auf dem Sensor hat.
Die einzige Erklärung, die ich finden konnte, ist, dass das Fehlen des AA-Filters diese relativ gesehen höhere Auflösung ermöglicht. Fuji hat durch die neue Pixel-Anordnung versucht, Moirées zu verhindern und dabei wohl in Kauf genommen, dass nicht völlig möglich ist. Ich hatte bisher noch keine Probleme damit, andere User habe hingegen schon Moirée-Effekte gesehen.
Dies gehört wohl auch zur Kaufentscheidung.