Oh, da bringst du was durcheinander...
Im Boden des Spiegelkastens sitzt das AF Modul. Dieses wird, wie schon von dir erwähnt, über einen Hilfsspiegel mit "Licht" versorgt.
Die Belichtungsmessung findet aber auf der Mattscheibe statt.
Schau ´mal in die Bedienungsanleitung deiner 5D zum Thema Mattscheiben-tausch und Anpassung der Individualfuntionen wegen Belichtungskorrektur.
Damit du nicht lange suchen mußt: Seite 158 ;-)
Die Okkularabdeckung zur Vermeidung von Streulicht hätte auch kaum Einfluss, würde die Belichtung im Kameraboden erfolgen...

Da ich überwiegend mit AF Objektiven fotografiere, wäre der Verlust der AF Anzeigefelder für mich schon relativ hoch. Ok, wenn nur das mittlere Feld zum Einsatz kommt, ist es eigentlich egal, ob der grüne Punkt leuchtet, oder der mittlere AF Punkt. Da ich aber, gerade bei Portraits, häufig die äußeren Felder benutze, ist es natürlich von Vorteil, wenn man sieht, wo es scharf gestellt wird. Jetzt könnten einige argumentieren, die Felder sieht man doch bei der Auswahl auf dem Display...richtig, aber ich möchte sie weiterhin im Sucher sehen.