Das gleiche Problem hatte ich, als ich versehentlich eine falsche SD-Karte in die Kamera eingelegt hatte und die Kamera die dort vorhandene Nummerierung einfach fortsetzte... (nach längerer Zeit habe ich dann die Funktion "Datenbank reparieren" im Kameramenü gefunden)
Auf jeden Fall musste ich die Bilder aber auch irgendwie sinnvoll auf dem PC unterbringen und habe mich dazu entschlossen diese zeitlich zu ordnen und dafür jeweils eigene Ordner anzulegen. Wenn man mehr als 10000 Bilder im Jahr fotografiert, bietet sich für jeden Monat ein Unterordner an, ansonsten reicht natürlich ein Ordner pro Jahr. So findet man Bilder auch schneller wieder, wo man sich noch ungefähr erinnern kann, wann sie entstanden sind.