So ... hatte Zeit zum Testen.
Meine Vermutung scheint sich zu bestaetigen. Die Karte, die das Problem verursachte, hatte ein autoexec file zum Starten von Magic Lantern.
Im Kartenleser konnte ich sehen, dass viele Dateien auf der Karte aber beschaedigt waren, so war z.B. eine Datei "DCIM" da, diese lies sich jedoch nicht mehr als Ordner oeffnen. Das Einlegen dieser Karte und Einschalten der Kamera haengt diese so komplett auf, dass sie sich wie oben geschildert trotz Entnehmen der Hauptbatterie und der CF-Karte nicht mehr einschalten laesst. Erst eine laengere Entfernung (5 Minuten waren zu wenig) der Pufferbatterie hilft. Dann kann man mit einer leeren Karte bzw. ganz ohne Karte wieder einschalten und muss zuerst einmal die Uhrzeit neu einstellen.
Mittlerweile habe ich die betroffene Karte mit dem Tool EOSCard.exe formatiert und alle Bootflags entfernt. Nun kann man auch diese Karte wieder verwenden und die Kamera wird nicht mehr ins Nirvana geschickt.
Nach dieser Erfahrung ueberlege ich, ob ich Magic Lantern ueberhaupt nochmal aufspielen moechte. Ich habe zwar an meiner 550D gerne das Liveview mit Fokuspeaking verwendet, aber die 5D II ist zu schwer um mit ihr am ausgestreckten Arm zu arbeiten und mit der Eg-S Einstellscheibe kann ich auch Lichtriesen mit 1,2 und 1,4 praezise durch den Sucher scharfstellen (an meiner alten 550D unmoeglich). Insofern habe ich kaum noch Verwendung fuer Magic Lantern - und solchen Aerger wie hier geschildert wuerde ich mir in Zukunft gerne ersparen.
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