Grundsätzlich sollte es egal sein, beim löschen werden die zu entfernenden Daten nicht sofort gelöscht, sondern lediglich als "zu überschreiben" markiert, erst nach dem speichern von neuen Fotos werden die Daten gelöscht.
Bei Deinem Fall könnte es höchstens der Fall sein das die Kamera oder der PC die "zu überschreibenden" und "neuen" Bilder irgendwie vermixt hatte, von daher ist eine Formatierung von Zeit zu Zeit ratsam.