Also ich hatte vor ca. einem Jahr mein erstes Problem mit einer meiner
Speicherkarten, da ich einen ähnlichen Fehler wie Du gemacht hatte nämlich
die Karte nicht immer komplett zu beschreiben, da ansonsten die Anfangssektoren
der Karte defekt werden können.
Bei mir war es eine Sandisk Ultra II mit 1GB CompactFlash, nachdem die Kamera immer gemeldet hatte
Karte nicht lesbar, und auch über den Cardreader keine Formatierung etc. mgl. war, hatte ich die Karte zu Sandisk direkt eingeschickt, da die Karte ja noch Garantie hatte.
Nach kurzer Zeit bekam ich von Sandisk eine neue Karte, und die Mitteilung das die Anfangssektoren der Karte überbeansprucht waren, und deshalb die ersten Sektoren nicht mehr lesbar waren, und die Karte auch nicht mehr repariert werden kann.
Auf Kulanz wurde die Karte dann von Sandisk gegen eine neue Ausgetauscht, die Bilder waren jedoch verloren.
Von daher empfielt es sich auf jeden Fall entweder die Karte immer komplett oder mindestens zu einem großteil zu beschreiben, oder eben wie Du schon sagst auf mehrere kleine Karten auszuweichen.
Soweit ich mich erinnere hatte ich auf dieser Karte erst knapp 30.000 Bilder gespeichrt, aber bei jeder Sitzung eben auch immer nur zwischen 50 und 200 Bilder.