Die Entwicklung von RAW-Shooter ist doch eingestellt, seit es von Adobe geschluckt wurde. Dafür gibts je nun Lightroom.
Die Formatumwandlung wäre dann problematisch, wenn herstellerspezifische Rohdatenparameter nicht im universellen DNG-Format abgebildet werden können. Dazu kann ich aber nix sagen. Ich habe mit dem DNG-Konverter seinerzeit die RAW-Daten der Fuji FinePix 6500fd umgewandelt, weil diese Rohdaten von meinem RAW-Programm auch nicht unterstützt wurden. Probleme oder Unterschiede hab ich da nicht bemerkt.
Prinzipiell scheint aber Photoshop oder auch dein RAW-Shooter keine Probleme mit den CS2-Dateien zu haben, sonst würden die Dateien schonmal nicht geöffnet werden können. Woran es nun aber liegt, dass diese so verschachtelt angezeigt werden, kann ich so auch nicht sagen...