Hallo Peter,
ich kann dein Schwanken bei der Entscheidung gut verstehen.
Direkt (also was die Entwicklung bei Canon angeht) helfen kann ich nicht,
aber vielleicht ein paar Erfahrungen beisteuern.
Ich habe die Canon EOS 600D (war meine erste DSLR), die hat soweit ich weiß den gleichen (bzw. fast gleichen) 18MP Sensor wie deine 650D.
Ich habe diese bis ISO 1600 genutzt, darüber bin ich nur in absoluten Notfällen gegangen.
Bei meiner aktuellen Sony Alpha 6500 mit 24MP-APSC-Sensor ist das genauso. Ab ISO 1600 rauscht die mir auch zu stark - die Sensorgeneration ist mit den aktuellen Canons wohl vergleichbar in dieser Disziplin. In meinen Augen hat sich da bei APS-C zwar was getan, aber Welten liegen wohl nicht dazwischen. Meine Kleinbild-Kameas sind da (obwohl in Tests immer von einer Blende Rauschvorteil gesprochen wird) gefühlte 2 Blenden / ISO-Stufen besser.
Insofern kann ich Christians Vorschlag, das Sigma 100-400mm, nur unterstützen. Man liest überall, dass dies ein sehr gutes Objektiv ist (Hias hier aus dem Forum hat es, vielleicht kann er mehr dazu sagen).
Die Kamerafrage ist deutlich weniger eindeutig zu beantworten. Ja, die 90D ist besser im Rauschen und allen anderen Disziplinen (v.a. Bedienbarkeit) -
ob sie soviel besser ist, dass du den Unterschied in den Bildern wirklich siehst, da würde ich mich nicht aus dem Fenster lehnen.
Also: wenn du Lust auf eine neue Kamera hast, dann nur zu- unabhängig davon würde ich mir das Sigma kaufen.