Ehrlich gesagt, steig ich bei der Beschreibung Deines Setups noch nicht ganz durch, mag ein wenig früh für mich sein

Transmitter auf die Kamera, Empfänger unter den 600EX-RT (Modus M) und den Yongnuo einzeln im Modus S2 funktioniert wirklich nicht?

Hast Du das Phottix-Set (1 Transmitter, 1 Receiver?) erst neugekauft? Wenn ja, kannst Du ja mal überlegen, ob Du es zurückgibst und Dir dafür noch einen weiteren Yongnuo 560-III und die Yongnuo 560TX-Steuerungseinheit holst. Das kostet zusammen unter 100€ (hab dafür zusammen 85€ bei ebay bezahlt), funktioniert ohne Hampeleien und ist wirklich bequem im Einsatz.