Hallo!

Tolle Kamera, die Fuji S3 pro. Ich habe seit Herbst auch eine. Es ist fast eine Schande, wie günstig diese DSLRs gehandelt werden. Es sind meiner Meinung nach die besten 6 MP, die man bekommen kann. Dynamik pur, die RAWs kann man
heutzutage mit Freude so richtig ausquetschen. Die Dynamik dieser Fujisensortechnik ist enorm.

Ich würde zum Nikon Service Team in der Nähe gehen. Die machen solche Sachen, von Sensorreinigung wie Justierung der AF-Module. Auf jeden Fall sind da Feinmechaniker am Werk, die sich mit den Geräten auskennen.
Ich kann Dich verstehen, denn ähnliches ist mir bei einer Pentax DSLR mit einer Schnittbildmattscheibe passiert. Nach meiner Montage war sie zerkratzt, saß nicht richtig (Fehlfokus) und die AF-Module der Kamera waren auch gestört.
Anders bei der Canon EOS 1D - da ging es auch ohne Hilfe, eine Spezialpinzette hilft dabei. Die D700 ist Vollformat, hat also eine große Mattscheibe. Die S3 pro ist ja auch ein Vollformatbody, jedoch sensorbedingt auf Halbformat umgebaut.
Bei der Mattscheibe glaube ich, ein schwarzes Passepartout zu erkennen. Oder irre ich mich da.

Hier die Nikonwerkstätten:
http://www.nikon.de/de_DE/service_support/Service_Points.page