Ich selbst habe zwar keine Katzeye in meiner 550D sondern lediglich eine billige 30-Euro-Scheibe aus China, kann dir aber sagen, dass der AF selbst keinerlei Probleme aufweist.
Das liegt in erster Linie mal daran, dass der AF-Sensor, wenn man von vorn in die Kamera schaut, im Boden der Kamera, unterhalb des Spiegels befindet. Das vom Sensor gemessene Bild muss also nicht durch die MAttschiebe hindurch.

Je nach Kameramodell kann es aber sein, dass du keine AF Messpunkte im Sucher mehr siehst (die rot aufleuchtenden Felder).
Das Piepen der Kamera als akustisches Signal "jetzt ist es scharf!" bleibt jedoch (AF-Objektive bzw. AF Confirm Chip vorausgesetzt).